Значения ключей аналитик РАУЗ хранятся в регистрах сведений:
АналитикаВидаУчета; АналитикаУчетаЗатрат; АналитикаУчетаПартий; АналитикаРаспределенияЗатрат; АналитикаПрочихЗатрат. Обычно эти записи не дублируются, т.к. механизмы конфигурации контролируют запись новых ключей. Но, если сильно постараться, дубли создать можно. Например, используя обмен - в этом случае уникальность записей не контролируется.
Неприятностей от дублей возникает множество. Приход идет по одному ключу, расход - по другому, и вот вам пожалуйста - на одном ключе остаток, на другом - минус. Ситуация усугубляется тем, что внешне ключи выглядят совершенно одинаково - те же значения аналитик, то же наименование. Только ссылка на сам ключ отличается.
Если обнаружили такую ошибку, срочно запускайте тестирование/исправление ключей аналитик. Если не поможет - удаляйте записи в регистрах вручную. Правда, придется перепровести документы, использовавшие дубль ключа, иначе будет битая ссылка в регистре.